Hit Hilfe der Gentechnik können Mikroorganismen noch viel gezielter eingesetzt werden. Sie werden mit einer Auswahl von Genen so ausgestattet, dass sie Enzyme, Vitamine, Arzneimittel und weitere Stoffe effizient produzieren können. Einige Beispiele stellt die Gentechnik Broschüre vor. Die gentechnisch veränderten Bakterien werden in geschlossenen Systemen kultiviert. Die von ihnen produzierten Stoffe werden aufgereinigt und für die weitere Entwicklung zum Endprodukt eingesetzt. Das heisst, im Endprodukt finden sich weder gentechnisch veränderte Mikroorganismen noch DNA.
Gentechnisch veränderte Mikroorganismen dienen aber nicht nur als Biofabriken, sie können auch als Indikatoren genutzt werden. So wurden zum Beispiel Bakterien mit zusätzlichen Genen so ausgestattet, dass sie in ihrer Umgebung den Giftstoff Arsen detektieren können und daraufhin einen grünen Leuchtstoff produzieren. Dieser einfache Biosensor wird seither eingesetzt, um Boden- und Wasserproben auf den hoch giftigen Stoff zu testen.
Grosse Chancen für die weisse Biotechnologie verspricht man sich vom jungen Forschungsgebiet der synthetischen Biologie. Weitere Informationen hierzu finden sich hier: synthetische Biologie.
Der Bund erliess im Jahr 2004 ein Gentechnikgesetz, das den Umgang mit gentechnisch veränderten Tieren, Pflanzen und Mikroorganismen regelt. Das Gesetz schreibt unter anderem vor,dass gentechnisch veränderte Mikroorganismen in geschlossenen Systemen gehalten werden müssen. Das heisst, sie dürfen ohne Prüfung durch den Bund weder freigesetzt, noch in Verkehr gebracht werden. Ausserdem besteht für Tätigkeiten in geschlossenen Systemen eine Melde- oder Bewilligungspflicht.
Für die Folgeprodukte der gentechnisch veränderten Organismen (GVOs) – zum Beispiel die Waschenzyme – besteht allerdings keine Bewilligungspflicht. Die Folgeprodukte werden zwar von GVOs produziert. Aber sie selbst sind naturidentisch oder nur leicht modifiziert und enthalten keine Geninformation, die an die Umwelt weitergegeben werden könnte.